如何選購凝膠成像分析系統(tǒng)
發(fā)布時(shí)間:2016-06-23 15:49:04
數(shù)字影像技術(shù)訊速發(fā)展,成為數(shù)碼產(chǎn)品及分子影像產(chǎn)品的風(fēng)向標(biāo),靈敏度越來越高,自動化程度也更高,設(shè)計(jì)也更加人性化,逐漸變得像傻瓜照相機(jī)一般易用。分子成像分析系統(tǒng)的實(shí)際應(yīng)用逐漸的普遍化,市場上有很多種分子影像成像分析系統(tǒng),如何選購呢?
1凝膠成像系統(tǒng)根據(jù)產(chǎn)品應(yīng)用范圍的分類:
1.1普通凝膠成像分析系統(tǒng):適用于DNA/RNA(EB、TLC plates、SYBR Green)等紫外,以及蛋白凝膠電泳(考馬斯染色,銀染)等可見光樣品;進(jìn)行圖象采集并進(jìn)行定性和定量分析;
1.2化學(xué)發(fā)光成像分析系統(tǒng):適用于化學(xué)發(fā)光/紫外光/可見光凝膠成像分析系統(tǒng),如ECL、ECL PLUS、Southern、CDP Star、CSPD、Northern和Western雜交的化學(xué)發(fā)光等各種化學(xué)發(fā)光暴光后的樣品檢測;
1.3多色熒光成像分析系統(tǒng):適用于熒光/化學(xué)發(fā)光/可見光凝膠成像分析系統(tǒng)
1.4多功能活體成像分析系統(tǒng):適用于生物發(fā)光(bioluminescence)與熒光(fluorescence)兩種技術(shù)。生物發(fā)光是用熒光素酶(luciferase)基因標(biāo)記細(xì)胞或DNA,而熒光技術(shù)則采用熒光報(bào)告基團(tuán)(GFP、RFP),或 Cyt及dyes等熒光染料進(jìn)行標(biāo)記。
2凝膠成像分析系統(tǒng)的組成
凝膠成像系統(tǒng)主要包含:CCD相機(jī),暗室和分析軟件。不過其功能不僅僅限于對瓊脂糠凝膠進(jìn)行成像,現(xiàn)在的成像儀趨向于多功能化,還適用于蛋白膠、發(fā)熒光的膠、印跡膜和菌落平板等應(yīng)用。在Western Blot方面,高性能的CCD分子成像系統(tǒng)能與膠片媲美。
CCD是電荷耦合器件(Charge Coupled Device)的英文名稱縮寫,是一種光電轉(zhuǎn)換器件。是凝膠圖像系統(tǒng)的核心部件。絕大多數(shù)對數(shù)碼相機(jī)都有一定的了解,不少人還是這方面的專家。有人把數(shù)碼相機(jī)的像素看得很重,但比較之后發(fā)現(xiàn),有些400萬、500萬像素的相機(jī)拍出來的片子沒有300像素的機(jī)子拍出來的好,這是為什么?
其實(shí),影響成像的因素很多,衡量CCD好壞的指標(biāo),有分辨率,CCD尺寸,動態(tài)范圍,靈敏度,量子效率,信噪比等,其中像素?cái)?shù)以及CCD尺寸是重要的指標(biāo)。其實(shí)是說感光器件的面積大小,這里就包括了CCD感光器件的面積越大,也即CCD面積越大,捕獲的光子越多,感光性能越好,信噪比越低。
為了方便您更了解CCD的大小,現(xiàn)列舉目前市場上所應(yīng)用的CCD規(guī)格如下:
1英寸——靶面尺寸為寬12.7mm*高9.6mm,對角線16mm。
2/3英寸——靶面尺寸為寬8.8mm*高6.6mm,對角線11mm。
1/2英寸——靶面尺寸為寬6.4mm*高4.8mm,對角線8mm。
1/3英寸——靶面尺寸為寬4.8mm*高3.6mm,對角線6mm。
1/4英寸——靶面尺寸為寬3.2mm*高2.4mm,對角線4mm。
CCD的分辨率由低到高:從45萬左右,100萬左右,140萬左右,200萬左右,300萬左右,400萬左右,500萬左右,甚至還有更高的,根據(jù)CCD的溫度有可以分為常溫CCD相機(jī)和制冷CCD相機(jī),制冷CCD:在相同滿井電子的CCD,降低CCD噪音,就能提高CCD的監(jiān)測能力,熱或者暗電流對于CCD都是噪音,噪音在Cool CCD基本都可以被深度致冷的Peltier消除。在曝光超過5-10秒,CCD芯片就會發(fā)熱,沒有致冷設(shè)備的芯片,“熱”或者白的像素點(diǎn)就會遮蓋圖像,圖像到處可見雪花。CCD結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)、數(shù)字化的方法等都會影響噪音的產(chǎn)生。當(dāng)然通過改善結(jié)構(gòu)、優(yōu)化方法,同樣能減少噪音的產(chǎn)生。
制冷CCD的適用性:熒光及化學(xué)發(fā)光本身較弱,所以對CCD噪音的降低要求很高,應(yīng)選用高分辨率數(shù)字冷卻CCD相機(jī)結(jié)合高通透鏡頭系統(tǒng),使其能夠捕獲到信號極其微弱的熒光及化學(xué)發(fā)光樣品圖像,并且能夠最大程度的降低噪音,減少背景,提供出色的圖像清晰度。另外可選激發(fā)光源及多位濾鏡輪擴(kuò)大了熒光/化學(xué)發(fā)光成像的應(yīng)用范圍。所以一般在熒光及化學(xué)發(fā)光觀察時(shí)需要選擇制冷CCD。所以制冷CCD相機(jī)絕對是高端分子影像成像分析系統(tǒng)的未來的發(fā)展趨勢和必須要求。
3凝膠成像系統(tǒng)的技術(shù)指標(biāo)
3.1分辨率
分辨率的大小和像素值是分不開的,像素指得是CCD能分辨的最小的感光元件,我們平時(shí)說的多少萬像素就是這些感光元件的個(gè)數(shù)了。所以一般來講像素越多,成像也就越清晰細(xì)膩,當(dāng)然這其中還要受許多因素限制,下面會慢慢提到的。但是高像素也不一定是好的CCD,其原因就是像素大小(Pixel Size),也是很重要的因素,相同數(shù)目的像素,排列越密集,像素之間就越容易出現(xiàn)電流干擾,容易出現(xiàn)"噪點(diǎn)"等干擾成像質(zhì)量的現(xiàn)象出現(xiàn)。由于制造工藝的限制,增加尺寸,成本將會以幾何級數(shù)提高。
3.2動態(tài)范圍值
動態(tài)范圍表示在一個(gè)圖像中最亮與最暗的比值。
灰階表示在一種表征光亮度的方法,12bit表示從最暗到最亮等分為212=4096個(gè)級別,16bit即分為216個(gè)級別,可見bit值越高能分出的細(xì)微差別越大,如圖下面這張圖片人眼只能分辨出40個(gè)灰階,而對于一臺12bit的儀器能分辨出4,096個(gè)灰階。值得一提的是,目前來說,市場上主流的凝膠成像的CCD以12bit為主,16bit的儀器一般情況下,分辨率均在200萬像素左右,對于真正的16bit,而像素值又近400萬的CCD是非常少見的。
12bit與16bit在圖像分辨上的區(qū)別
對動態(tài)范圍進(jìn)行量化需要一個(gè)運(yùn)算公式,即動態(tài)范圍值 = 20 log (well depth/read noise),其中Well depth代表是滿井電子,是CCD飽和時(shí)能接受的電子信號總值,read noise是讀出噪聲(以電子數(shù)來表示),每個(gè)CCD在讀數(shù)的過程中都會產(chǎn)生噪聲,噪聲越小,監(jiān)測靈敏度越高。其中滿井電子與CCD的bit值是相關(guān)的,通常下,bit值越高,滿井電子的數(shù)值越大。
舉例如下:
Well depth = 85,000 個(gè)電子, read noise = 12 個(gè)電子
Dynamic range = 20 log (85,000/12), or 77dB.
動態(tài)范圍的值越高CCD性能越好.
3.3量子效率
CCD的量子效率也稱像素靈敏度,指在一定的曝光量下,像素勢阱中所積累的電荷數(shù)與入射到像素表面上的光子數(shù)之比。不同結(jié)構(gòu)的CCD其量子效率差異很大。比如100光子中積累到像素勢阱中的電荷數(shù)是50個(gè),則量子效率為50%(100 photons = 50 electrons means 50% efficiency)。值得注意的是CCD 的量子效率與入射光的波長有關(guān)。
3.4信噪比
說到信噪比就不得不提到暗電流了,暗電流是導(dǎo)致CCD噪音的很重要的因素。暗電流指在沒有曝光的情況下,在一定的時(shí)間內(nèi),CCD傳感器中像素產(chǎn)生的電荷。我們在做化學(xué)發(fā)光檢測的時(shí)候,需要的曝光的時(shí)候比較長,這樣導(dǎo)致CCD產(chǎn)生較多的暗電流,對圖像的質(zhì)量影響非常大。通常情況下通過降低CCD的溫度來最大限度的減少暗電流對成像的影響。
3.5光學(xué)鏡頭
光學(xué)鏡頭是機(jī)器視覺系統(tǒng)中必不可少的部件,直接影響成像質(zhì)量的優(yōu)劣,影響算法的實(shí)現(xiàn)和效果。光學(xué)鏡頭規(guī)格繁多,有時(shí)不免頭暈。光學(xué)鏡頭從焦距上可分為短焦鏡頭、中焦鏡頭,長焦鏡頭;從視場大小分有廣角、標(biāo)準(zhǔn),遠(yuǎn)攝鏡頭;結(jié)構(gòu)上分有固定光圈定焦鏡頭,手動光圈定焦鏡頭,自動光圈定焦鏡頭,手動變焦鏡頭、自動變焦鏡頭,自動光圈電動變焦鏡頭,電動三可變(光圈、焦距、聚焦均可變)鏡頭等。
3.6濾光鏡片
熒光:EB 、TLC plates、GFP plates、SYBR Green、SYBR Gold、SYBR Safe、SYPRO Red、SYPRO Orange、Texas Red、Rhodamine Red、Fluorescein、Deep Purple、Cy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、熒光板等(要根據(jù)具體的激發(fā)光源和濾鏡來決定)
3.7數(shù)據(jù)傳輸
3.8軟件功能
不論何種計(jì)算機(jī),它們都是由硬件和軟件所組成,兩者是不可分割的。人們把沒有安裝任何軟件的計(jì)算機(jī)稱為裸機(jī)。凝膠成像分析系統(tǒng)也不例外,硬件設(shè)備再好,如果不配上好的軟件,也無法發(fā)揮它應(yīng)有的功能。